震旦博物館致力于古器物學的研究和推廣，運用玉器、陶瓷器、佛教造像等收藏，發展出一套以「料、工、形、紋」為核心的古器物學方法及理論，多年來透過博物館的營運平臺，以多元化的模式和社會大眾接軌，尤其重視與高等學校之間的館校合作，陸續與北京大學考古文博學院、復旦大學文物與博物館學系及廣州美術學院等單位，建立深度的合作關系。
北京大學考古文博學院與震旦博物館的合作淵源，可以溯及2003年臺北震旦博物館與其所成立的「北京大學震旦古代文明研究中心」。2013年上海新館開幕以后，雙方交流更加密切。2017年開啟「古器物學研究工作坊」專案，由博物館研究人員為北京大學文博專業研究生講授中國古代玉器與陶瓷課程。2018年，「北京大學考古實驗實踐教學基地」于震旦博物館成立，將古器物學課程納入北大的學分課程，供研究生選修。
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復旦大學文物與博物館學系是大陸地區創辦時間最長的文博專業科系，在博物館業界享有良好的聲譽和影響力，其辦學理念與時俱進，適應社會需求，除了注重學科體系的全面建設之外，也很重視教學方法的創新，多次邀請震旦博物館研究人員為同學們講授古器物學研究、中國古代玉器專題等課程，結合實物觀摩、拓片制作及實地參觀等形式，強化教學的效果。2018年，「復旦大學文物與博物館學系教學基地」于震旦博物館成立，雙方合作關系正式確立。
廣州美術學院是大陸地區八大美院之一，美術與設計系科設置齊全，校園風氣自由活潑，富有時尚氣息，課程內容兼具理論和實踐，尤其重視設計教育與經濟、社會的發展密切結合。學院師生多次參訪震旦博物館，對館內的展覽陳列及教育研究十分肯定，2019年起，邀請館內研究人員開設古器物學研究與中國古代玉器專題課程，透過多學科的交叉融合，與產學研聯動之方式，開拓同學們的視野。
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震旦博物館的高校教育以具體的實物為中心，基礎課程從分項敘述開始，介紹古代器物的材質、工法、造型及紋飾，進階課程從整合性的角度解釋古代器物的設計理念，課堂上配合實物觀摩之講解，逐步掌握古代器物的特徵與風格，課后到博物館參觀，實際印證課堂所學，對于學習和研究都能有所啟發與幫助，期許未來有更多的學校加入，讓博物館成為大家共學、共享的教室。
